Air yang mengelilingi dan menggenangi desa itu berawal dari datangnya banjir besar St Elizabeth pada tahun 1170 , dan desa itu sendiri didirikan dan dikembangkan kembali pada 1230 ketika buronan Mediterania datang untuk menetap di sini. Para buronan menemukan banyak tanduk kambing liar yang mungkin telah tewas karena banjir, dan dari situlah nama desa itu berasal. Awalnya desa ini disebut 'Geytenhorn' yang berarti 'tanduk kambing', akhirnya menjadi Giethoorn setelah bertahun-tahun.
Banyak rumah-rumah dibangun di atas pulau-pulau kecil, dicapai melalui sebuah jembatan tinggi. Penduduk desa menggunakan perahu kecil dengan suara motor yang pelan yang dikenal sebagai kapal berbisik, dan jembatan kayu yang digunakan untuk menghubungkan satu pulau dengan yang lain.
Giethoorn menjadi terkenal, terutama setelah 1958, ketika komedian asal Belanda Bert Haanstra membuat komedi terkenal "Fanfare" di sana.
