Syekh Yusuf dibuang Belanda karena perlawanannya terhadap Belanda sewaktu di Banten. Semula dia dibuang ke Srilanka, namun kemudian dibuang lagi ke Afrika Selatan.
Di komplek makamnya yang berada di Macassar, Cape Town, terdapat monumen yang menjelaskan tentang perjalanan Syekh Yusuf bisa sampai di Cape Town. Pada Juli 1693. dia beserta 49 pengikutnya dibawa dengan kapal De Voetboog, ke Zandvliet, yang sekarang bagian dari wilayah Cape Town, Afrika Selatan.
Tercatat ada tiga Presiden Indonesia yang datang berkunjung ke makam Pahlawan Nasional ini, yakni Presiden Soeharto, Megawati Soekarnoputri, dan Susilo Bambang Yudhoyono.
Peziarah yang datang memang tidaklah setiap hari, tetapi dalam satu bulan ada beberapa yang datang. Mereka umumnya ingin tahu lebih banyak tentang kiprah perjuangan yang dilakukan Syekh Yusuf dalam menyebarkan Islam.
Hanya lima tahun di pengasingan ini, Syekh Yusuf wafat pada 23 Mei 1699 dalam usia 73 tahun. Lalu dimakamkan di kawasan yang sekarang disebut Macassar, sekitar 35 kilometer dari pusat kota Cape Town. Di komplek makamna terdapat hiasan berupa meriam peninggalan Belanda. Kendati makamnya ada di Afsel, namun dipercayai jenazahnya kemudian dipindahkan ke Gowa, Sulawesi Selatan dan dimakamkan di sana.